Daily Archives: August 11, 2017

شركة سويفت تعلن عن طريقة الناتج الأعلى لتحضير مجموعة تسلسل الخلية المثيلة الواحدة

الدراسة التي نشرت في مجلة ساينس تظهر كيف يمكن للعلامات الجينية  أن تحدد الأنواع الفرعية للخلية والعناصر التنظيمية التي تدفع التنوع الخليوي.

آن أربور، مشيغان، 11 آب/أغسطس، 2017 / بي آر نيوزواير / —  أعلنت شركة سويفت بيوساينسز، وهي شركة مزودة بارزة لحلول تحضير المجموعات البيولوجية الابتكارية للجيل التالي من التسلسل الخليوي، اليوم عن إطلاقها طريقة جديدة لتسلسل الخلية المثيلة الواحدة بناء على تقنيتها الجديدة Accel-NGS® Adaptase™ technology، وهي عبارة عن حل فعال وقوي لتحضير تسلسل الجيل التالي لتسلسل الكبريت الجينومي الكامل في تحليل الخلية الواحدة. وهذه الطريقة تمكن من التحليل الفعال للمناطق المثيلة عبر آلاف الخلايا مع معالجة تطبيقات مثل تصنيف الخلايا، وتنظيم الآليات الخلوية في الأنسجة الطبيعية، والتغيرات الجينية في حالات المرض والحفاظ التطوري للتنظيم الجيني.

الميثيل هي علامة بيولوجية مستقرة يمكن استخدامها لتحديد أنواع الخلايا والعناصر التنظيمية الكامنة وراء وظيفة الخلية. وعندما تدمج مع دراسات تعبير الحمض النووي الريبي للخلية الواحدة، يمكن لمثيلة الخلية الواحدة توضيح العناصر التنظيمية، وبالتالي السيطرة على ملامح التعبير الفريدة للخلايا الفردية والاختلافات بين الخلايا. بالإضافة إلى ذلك، كشفت الدراسات السريرية الحديثة أنماطا مثيلة في الأمراض، مثل السرطان، التي تحدد نوع الورم، وتقييم عبء الورم في الخزعات السائلة، والترابط مع تطور المرض، والتكهن بإمكانات الشفاء والعقاقير.

وقد وصفت هذه الطريقة مؤخرا في مجلة ساينس بعنوان “ميثيلومات الخلية الواحدة تحدد الأنواع الفرعية العصبية والعناصر التنظيمية في لحاء الثدييات” Single Cell Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian Cortex من قبل المتعاونين في إعداد الدراسة في معهد سالك، جامعة كاليفورنيا سان دييغو وسويفت بيوسانسز. ويجمع سير عمل هذه الطريقة فرز الخلايا المدفوع بالفلورسنس، وتحويل ثنائي الكبريت ووحدة تسلسل الجيل التالي من سويفت أكسيل أدابتاس مع مكونات أخرى متاحة تجاريا. وأظهرت النتائج المنشورة زيادة تزيد عن الضعفين في معدلات رسم الخرائط الجينومية بالمقارنة مع الطرق الأخرى؛ وبالتالي، إحداث تحسين كبير في ناتج البيانات في التسلسل مع الحد من التكلفة الإجمالية.

وقال تيموثي هاركينز، الرئيس والمدير التنفيذي لشركة سويفت بيوساينسز، والمؤلف المشارك في الدراسة: “هذا هو أحد التعاونات العلمية العديدة التي تساهم فيه تقنيات سويفت في دفع حدود العلوم. نحن متحمسون حيال الرؤى الجديدة في العمليات الخلوية الأساسية، والأثر المستقبلي العميق لها على الطب الدقيق”.

وتقول الدكتورة لوري كوريهارا، المديرة الأولى للأبحاث والتطوير والمؤلفة المشاركة في الدراسة: “إن تقنية أدابتاس الخاصة بنا تبني مكتبات تسلسل الجيل التالي عالية التعقيد من الحمض النووي العادي المنخفض المدخلات. طريقة عملنا القائمة على الخلية الواحدة تتضمن خطوات أقل من الطرق الأخرى، وتقدم معالجة متعددة للخلايا الواحدة لتوفير إنتاجية أكبر لتطبيقات عالية الإنتاجية”.

وحدة أكسيل أدابتاس لتسلسل الجيل التالي متوفرة الآن تجاريا.

 

الاتصال: داربي واغنر، لامبرت، إدواردز أند أسوسييتس، (616) 258-5779 ، dwagner@lambert-edwards.com

 

 

Swift Announces the Highest Throughput Single-Cell Methyl-Seq Library Preparation Method

Study published in Science magazine demonstrates how epigenetic markers can identify cell subtypes and regulatory elements that drive cellular diversity

ANN ARBOR, Michigan, Aug. 10, 2017 /PRNewswire/ — Swift Biosciences, a leading provider of innovative library prep solutions for next-generation sequencing (NGS), today announced the launch of a new single-cell methylation sequencing method based on its Accel-NGS® Adaptase™ technology, an efficient and robust NGS-prep solution for whole-genome bisulfite sequencing at single-cell resolution. This new method enables the efficient analysis of different methylated regions across thousands of cells from heterogeneous tissues, while also addressing applications, such as cell classification, regulation of cellular mechanisms in normal tissue, epigenetic alterations in disease states and evolutionary conservation of epigenomic regulation.

Methylation is a stable biomarker that can be used to identify cell types and the regulatory elements underlying cell function. When coupled with single-cell RNA expression studies, single-cell methylation can elucidate the regulatory elements, in turn controlling the unique expression profiles of individual cells and differences between cells. Additionally, recent clinical studies have uncovered methylation patterns in diseases—such as cancer—which identify tumor type, assess tumor burden in liquid biopsies, and correlate with disease progression, prognosis and drug response.

This method was recently described in the Science paper entitled “Single Cell Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian Cortex” by collaborators at the Salk Institute, University of California San Diego and Swift Biosciences. The workflow combines fluorescence-activated cell sorting-based isolation, bisulfite conversion and Swift’s Accel-NGS Adaptase module with other commercially available components. The published results demonstrated a greater than two-fold increase in read-mapping rates as compared to other methods; thereby, significantly improving the data output per sequencing run while reducing the overall cost.

“This is one of many scientific collaboration in which Swift technologies is pushing the boundaries of science,” said Timothy Harkins, president and CEO of Swift Biosciences and co-author on the paper. “We are excited about new insights into basic cellular processes, and the profound, future impact it will have on precision medicine.”

“Our proprietary Adaptase technology constructs high-complexity NGS libraries from low-input, single-stranded DNA,” said Laurie Kurihara, PhD, senior director of research and development and co-author on the paper. “Our single-cell workflow has fewer steps than other methods and offers multiplexed, single-cell processing to provide greater productivity for high-throughput applications.”

The Accel-NGS Adaptase Module is now commercially available.